No final da década de 1990, a estrutura começou a ser construída pela Companhia Paranaense de Energia - Copel, empresa que detinha a concessão para construir e operar a Usina.
O Museu foi aberto ao público em 17 de dezembro de 1999. A inauguração oficial aconteceu um ano depois, em 21 de dezembro de 2000.
A guarda do acervo oriundo dos Programas de Aproveitamento Científico de Flora e Fauna, Salvamento da Memória Cultural e Resgate Arqueológico começou na fase de construção da usina.
O Museu mantém ainda o acervo resgatado nas áreas de influência de outros empreendimentos hidrelétricos da Copel no rio Iguaçu, abrigando um dos mais expressivos acervos regionais do Paraná – com exemplares da fauna e da flora características de cada região banhada pelo rio Iguaçu, além da história das populações ribeirinhas e do aproveitamento do rio para fins de geração de energia.
Durante 03 anos, a Administração Municipal trabalhou junto a Copel Geração e Transmissão, requerendo a Administração do Museu Regional do Iguaçu. Assim, em dezembro de 2023 a Copel lançou um Edital para entidades e Municípios que tivessem interesse na Transferência do Direito de Propriedade das Coleções Museológicas do Museu Regional do Iguaçu consubstanciadas em acervo etnográfico indígena e colonial, documental, faunístico e florístico, para fins de guarda, preservação, pesquisa e socialização, consolidada por intermédio de visitas abertas à comunidade, fomentando as atividades histórico-culturais e de turismo.
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Em 05 de Janeiro de 2024, a Administração Municipal encaminhou a Copel o Ofício solicitando a Transferência do Acervo encaminhando toda a documentação técnica exigida para tal. Em 05 de abril de 2024 foi assinado o Termo de Transferência do Acervo do Museu Regional do Iguaçu entre o Município e a Copel. Sendo que em 03 de Agosto de 2024 efetivou-se a transferência de responsabilidade da Copel para o Município de Reserva do Iguaçu.
O acervo do MRI a ser transferido ao Município é formado por aproximadamente 4.000 peças, com elementos etnográfico indígena e colonial, faunístico, florístico e documental.
- Acervo Etnográfico indígena e colonial: composto por itens de madeira, tecido, metal, utensílios, ferramentas, artefatos de trabalho campestre, agrícola, cestaria, adornos em vegetais, tecido e penas que representam o Programa de Salvamento da Memória da Usina Hidrelétrica Governador Ney Aminthas de Barros Braga.
- Acervo Faunístico: composto por coleções de anfíbios, artrópodes, aves,
mamíferos, répteis, peixes e entomologia que representam o Programa de
Aproveitamento Científico de Flora e Fauna da Usina Hidrelétrica Governador Ney Aminthas de Barros Braga.
- Acervo Florístico: composto por coleções de exsicatas (ramos de plantas secos para identificação científica), peças de madeira da vegetação regional, sua carpoteca (coleção de frutos) e demais troncos que representam o Programa Aproveitamento Científico de Flora e Fauna da Usina Hidrelétrica Governador Ney Aminthas de Barros Braga.
- Acervo Documental ou Arquivístico: composto por fichas de coleta de bens dos meios natural e cultural, fotografias, imagens, mídias de áudio, relatórios, pareceres e demais materiais de consulta dos programas socioambientais executados na fase de implantação da Usina Hidrelétrica Governador Ney Aminthas de Barros Braga.
A intenção do Município é ampliar o Acervo trazendo peças que representem o tropeirismo, o Quilombo Paiol de Telhas, as Estações Ecológicas Municipais e a memória dos Barrageiros, culturas que também fazem parte da história do Município de Reserva do Iguaçu.
A Administração Municipal tem alguns requisitos a cumprir previstos no Termo de Transferência junto a Copel, como elaborar o Projeto Museográfico, o Plano Museológico, a Política de Acervo Museológico e o Programa de Educação Museal, e por último, apresentar uma Unidade Cultural implantada e operante com as coleções museológicas em exposição.